台風18号の影響で運休中の京津線について京阪電気鉄道は9月20日、運転再開までに1週間以上かかる見込みと発表した。当初は21日までに復旧作業を完了し、その後運転を再開する考えを示していたが、被害が大きいことから作業を継続する。
JR東海が9月18日に公表した中央新幹線第1期営業区間（東京都～名古屋市）の環境影響評価（アセスメント）準備書により、同線の詳細なルートと駅の位置が明らかになった。20日からは関係地域での準備書の縦覧も開始。着工に向けた動きが本格化している。
出火事故の影響で特急列車の減便が続いているJR北海道は9月20日、メンテナンス体制の強化に向けたダイヤ改正の詳細を発表した。これまで130km/hだった道内の特急列車の最高速度を引き下げて運転本数も減らす。11月1日から実施する。
8月24日未明に発生した集中豪雨の影響で運休中の山陰本線江津～浜田間19.0kmは、9月25日の始発列車から運転を再開する見込みとなった。JR西日本が9月20日発表した。
ICカード「Suica（スイカ）」で収集した利用状況などのデータをJR東日本が販売していた件について、同社は9月20日、社外へのデータ提供を当面のあいだ見合わせると発表した。
国土交通省が9月20日15時時点の情報としてまとめたところによると、台風18号の影響で運休が続いていた鉄道路線のうち、JR北海道の根室本線（花咲線）厚岸～根室間が9月19日19時10分、JR東日本の奥羽本線八郎潟～東能代間が同日9時52分、それぞれ運転を再開した。
京阪電気鉄道は9月19日、台風18号の影響で運休が続いている京津線の被災状況などを発表した。復旧作業は順調に進めば21日にも完了する見込み。同線と直通運転を行っている京都市交通局の市営地下鉄東西線は、9月19日夜に運転を再開した。
山陽電気鉄道と神戸新交通は9月19日、交通系ICカードの全国相互利用サービスに対応する方向で準備を進めていると発表した。2014年春から対応する。
寝台特急『北斗星』回送列車の運転士が自動列車停止装置（ATS）のスイッチを破壊したと報じられていた件についてJR北海道は9月17日、その経緯を正式に発表した。
JR東海は9月19日、一部区間の運転を見合わせている飯田線について、運転再開までに3カ月程度かかるとした復旧の見通しを発表した。
