東京地下鉄（東京メトロ）は6月19日、グループ長期環境戦略「みんなでECO.」を策定したと発表した。2020年度の鉄道事業におけるエネルギー使用量を、2009年度の実績より増やさないことを目指す。
大井川鐵道（株）はSL列車を2013年7月1日～7月7日の期間で七夕列車として運転する。
秋田新幹線「こまち」で使用されているE3系0番台の量産先行車編成（R1編成）が、7月20日の「こまち36号」（秋田発12時57分）の運転を最後に引退することになった。JR東日本秋田支社は、最後の運転に合わせて引退セレモニーを実施する。
JR九州は6月19日、2012年7月の九州北部豪雨により運休中の豊肥本線宮地～豊後竹田間34.6kmについて、8月4日の始発列車から運転を再開すると発表した。
横浜市と東京急行電鉄（東急）は、「次世代郊外まちづくり」の推進に関する協定に基づく「次世代郊外まちづくり基本構想2013」を策定した。
JR東日本は6月19日、環境省が実施する「ライトダウン2013」キャンペーンに合わせ、東京駅のライトアップを消灯すると発表した。
智頭急行は6月17日、「智頭線満喫 普通列車一日乗り放題きっぷ」の2013年度第1期版を発売すると発表した。
京阪電気鉄道は、京都と大阪を代表する夏のお祭り「祇園祭」「天神祭」に合わせ、臨時列車を運転する。
京阪電気鉄道は6月18日、京阪線と大津線でそれぞれ七夕イベントを実施すると発表した。同時にヘッドマークを掲出するなどして沿線の「七夕ムード」を盛り上げる。
伊奈線（ニューシャトル）を運営している埼玉新都市交通は、7月1日にダイヤ改正を実施する。10分間隔の運転時間帯を拡大するほか、かつての東北・上越新幹線と同じ塗装の車両が7月上旬から運転を開始する。
