JR九州は4月17日、翌18日の運行計画（17日18時時点）を発表した。九州新幹線や熊本県内の在来線を中心に、引き続き運転を見合わせる。
2016年末暫定開通をめざして整備がすすめられている東京環状2号 新橋―有明間。この区間の隅田川にかかる築地大橋は、仕上げ工事が行われている。地上からは、清澄通りと接続するスロープや、橋南側の遮音壁などが姿を見せはじめた（写真30枚）。
洲原（岐阜県美濃市）～母野（郡上市）間の須原トンネルで発生した脱線事故の影響で全線の運転を見合わせていた長良川鉄道は4月17日、美濃太田～関間のみ運行を再開した。
熊本県を中心とした地震の影響で、4月17日も熊本県や大分県を中心に一部の鉄道路線で運転の見合わせが続いている。
16日15時37分頃、名古屋市昭和区の市営地下鉄「御器所駅」の駅員がホームに煙が充満していることを発見、運転指令室に通報した。
長良川鉄道は4月15日に発生した脱線事故の影響で、16日は全線で列車の運行を見合わせている。
4月17日から運行が始まる西武鉄道の観光電車「西武 旅するレストラン 52席の至福」について、同社は「九州地方の地震で大きな被害が出ている」ことを受け、出発式の中止を決めた。
気象庁によると4月16日未明の1時25分、熊本県南阿蘇村などで最大震度6強の地震が発生した。地震の規模を表すマグニチュードは、4月14日夜の地震より大きい7.3と推定される。同庁は今回の地震が「本震」で、4月14日夜の地震は「前震」だったという見方を示した。
新橋と勝どき・豊洲の間に走り出すBRT（バス高速輸送システム）は、2019年の環状2号地下トンネル供用開始にあわせて営業が始まる見込み。その環2は、築地市場の地下を通るトンネルが完成するまで、築地市場の裏出口の道を借りるかたちで2016年に暫定開業する。
熊本県益城町で震度7の揺れを観測した地震の影響で、JR九州は現在も九州新幹線など一部の鉄道路線で運転を見合わせている。
