8月3日からの大雨により被災した鉄道各線では長期運休が5線区に及んでおり、貨物列車が走る日本海側や太平洋側の幹線も被災。物流にも影響が出始めている。
8月5日13時時点のJR東日本運休状況。羽越本線や奥羽本線、盛岡以北のIGRいわて銀河鉄道が一部不通となっているため、東北や北海道への貨物列車は迂回路を失っている。JR東日本では、奥羽本線東能代～大館間、五能線岩館～深浦間が再開までに10日程度を要するとしており、磐越西線では濁川橋梁の倒壊が発生した喜多方～馬下（まおろし）間が当面の間運休。会津若松～喜多方間で臨時ダイヤによる折返し運行が開始されている。米坂線は今泉～米沢間が8月10日頃に再開する見込みとなった。
JR西日本では8月6日も線路設備が被災した北陸本線敦賀～武生間が終日運休することが決定しており、物流への影響も懸念される。
磐越西線会津若松～喜多方間の臨時ダイヤ。
JR線以外では、山形鉄道フラワー長井線が17時19分から長井～荒砥（あらと）間で再開しているが（長井21時28分発の下り最終は運休）、残る赤湯～長井間は依然、運行を見合わせている。
また、盛岡駅（岩手県盛岡市）と目時駅（青森県三戸町）を結ぶIGRいわて銀河鉄道では、小繋（こつなぎ）～小鳥谷（こずや）間の小繋トンネル内へ水が流入、奥中山高原～小繋間では道床流出が発生していることから、再開には相当の日数を要するとしており、いわて沼宮内～二戸間を中心に区間運休が続いている。
土砂が流入したIGRいわて銀河鉄道奥中山高原～小鳥谷間。
