京都・兵庫の足として活躍する北近畿タンゴ鉄道が、6月15日に『宇宙戦艦ヤマト2199』の記念切符を期間限定で発売する。同鉄道では、昨年より『宇宙戦艦ヤマト2199』のラッピング列車を運行してきた。
JR東日本とJR西日本は6月7日、北陸新幹線長野～金沢間（2015年春開業予定）について、これまで仮称となっていた3駅の開業時の駅名を決めた。JR東日本とJR西日本の営業境界駅となる上越駅（新潟県上越市）は、「上越妙高（じょうえつみょうこう）」とする。
相模鉄道（相鉄）は6月7日、特別列車「相鉄JAZZトレイン2013」を7月20日に運転すると発表した。8月4日に開催される「旭ジャズまつり」（横浜市旭区）のプレイベントとして運転するもので、今回で4回目。車内でジャズの演奏が行われる。
JR東海は富士山の世界文化遺産登録の動きに合わせ、浜松～御殿場間を結ぶ臨時急行列車「富士山トレイン371」を7月と8月に運転する。2012年1月と2013年1月に117系を使用した「富士山トレイン117」が運転されたが、今回は371系を使用する。
JR東日本は6月7日、東日本の鉄道路線を利用できるフリー切符「三連休乗車券」を発売すると発表した。フリーエリアや効力、発売額などは、2012年度まで発売されていた「スリーデーパス」とほぼ同じ。指定された3連休期間に限り、3日間自由に乗り降りできる。
JRグループ旅客6社は、JR全線のフリー切符「青春18きっぷ」の夏季版を発売する。切符の効力などは従来通り。発売期間は7月1日から8月31日まで、利用可能期間は7月20日から9月10日まで。
広島電鉄は、ディズニー／ピクサー映画「モンスターズ・ユニバーシティ」の公開を記念したラッピング電車を運行すると発表した。
近江鉄道は6月14日から900形の運転を開始する。当日は出発式を実施するほか、900形デビュー記念乗車券も発売する。
東京急行電鉄（東急）と京浜急行電鉄（京急）、東京地下鉄（東京メトロ）の3社が相次いで社債の発行を発表した。各社とも設備投資や借入金返済などに充当する。
JR東日本とびゅうトラベルサービスは6月5日、「カシオペアクルーズ for あきた」を販売すると発表した。通常は上野～札幌間で運転されている豪華寝台特急「カシオペア」の車両で秋田県などを訪れる旅行商品。10月に3泊4日の日程で実施する。
