JR北海道とJR東日本の2社は2016年1月1日、「北海道新幹線開業準備の最終段階」として、青函トンネルを通過する全ての旅客列車を運休する。2社が9月16日発表した。
JR北海道とJR東日本の2社は9月16日、北海道新幹線新青森（青森市）～新函館北斗間（北海道北斗市）の開業日を2016年3月26日に決めたと正式に発表した。これに伴い、青森～札幌間の急行『はまなす』などが廃止される。
JR北海道は、北海道新幹線・新青森＝新函館北斗間を2016年3月26日に開業すると正式に発表した。
東武鉄道は9月15日、関東・東北地方を襲った豪雨の影響で運休中の路線のうち、日光線新鹿沼（栃木県鹿沼市）～下今市（日光市）間20.6kmと鬼怒川線下今市～新藤原（日光市）間16.2kmを9月18日中に再開すると発表した。
関東鉄道は9月15日、関東・東北地方を襲った豪雨で運休が続く常総線取手（茨城県取手市）～下妻（下妻市）間36.1kmのうち、取手～守谷（守谷市）間9.6kmの運転を9月16日から再開すると発表した。これに伴い代行バスの運行区間も変わる。
東京地下鉄（東京メトロ）は9月15日、千代田線に16000系電車のマイナーチェンジ車両（4次車）を導入すると発表した。9月16日から営業運転を開始する。
JR東日本仙台支社は9月15日、磐越西線郡山～喜久田間（福島県郡山市）に設置する新駅について、国土交通省東北運輸局からこのほど認可を受けたと発表した。2017年春頃の開業を予定している。
JR西日本は9月14日、同社のICカード「ICOCA」のチャージ額を追加すると発表した。乗越し精算機でも「不足額チャージ」を導入。いずれも10月1日から開始する。
津軽鉄道サポーターズクラブ（鉄道カフェ実行委員会）は9月20日から22日まで、津軽鉄道開業85周年を記念したイベント「鉄道カフェ」を開催する。開催時間は各日9時30分から16時30分まで。
JR北海道は9月14日、日高本線の運休区間で台風17号による被害が発生したと発表した。同日、同社の社員が被災場所を発見した。
