関東・東北地方を襲った豪雨の影響で運休した鉄道路線のうち、JR日光線が全区間で運転を再開した。只見線と関東鉄道常総線も一部の区間で運転を再開している。9月14日7時までにまとめた運休区間は以下の通り。
京都丹後鉄道（丹鉄）を運営するWILLER TRAINS（ウィラー・トレインズ）と、丹鉄沿線で路線バスを運行する京都交通・全但バス・丹後海陸交通の3社は9月11日、フリー切符「幸福パス」を発売すると発表した。北近畿地区の鉄道と路線バスが3日間、自由に乗り降りできる。
茨城県龍ケ崎市はこのほど、同市内の常磐線佐貫駅の駅名改称について、JR東日本水戸支社と協定書を締結したと発表した。新駅名は「龍ケ崎市」で、改称時期は2017年4月1日としている。
小田急電鉄は9月11日、これまで設置を進めてきた新型の自動列車停止装置（D-ATS-P）の全線への設置が完了したと発表した。12日の初発から全線での運用を開始している。
9月9日から11日にかけての大雨の影響で運転を見合わせた鉄道各線は順次復旧した。9月12日6時45分までにまとめた運休区間は以下の5社8線となっている。
東武鉄道は9月11日、記録的な豪雨により線路への土砂流入などが発生した日光線・鬼怒川線・宇都宮線の被害状況と復旧の見込みを発表した。日光線・鬼怒川線は1週間程度での復旧を見込んでいるが、橋りょうが流失した宇都宮線は未定となっている。
JR西日本は9月11日、広島地区の227系電車「Red Wing（レッド・ウィング）」を追加投入すると発表した。10月3日から可部線でも運転される。
JR九州熊本支社は9月10日、台風の影響で運休している肥薩線八代（熊本県八代市）～人吉（人吉市）間51.8kmの運転を9月19日から再開すると発表した。これにより同線は全線が復旧する。
大雨の影響で、関東と東北を中心に鉄道路線の運転見合わせが続いている。国土交通省や鉄道各社の発表によると、一部の路線で橋りょうの流出など、大きな被害が発生している。
JR九州は9月10日、クルーズトレイン『ななつ星 in 九州』を肥薩おれんじ鉄道線経由の新ルートで運行すると発表した。2016年4月から実施する。「3泊4日コース」で鹿児島から熊本に向かう経路を海沿いの同線経由に変更し、東シナ海に沈む夕陽を楽しめるようにする。
