JR東日本の千葉支社は7月6日、お座敷電車「ニューなのはな」に乗って千葉県内を巡る鉄道マニア向けの旅行商品を発売すると発表した。8月の計2回、実施する。
JR東日本は7月5日、豪華寝台列車（クルーズトレイン）『TRAIN SUITE四季島』の応募倍率が最高で76倍に達したと発表した。
JR東日本秋田支社は、奥羽本線の羽後飯塚駅（秋田県潟上市）を改築すると発表した。駅施設と都市施設を併設した新しい駅舎にする。
富山地方鉄道（富山地鉄）はこのほど、富山市内を走る路面電車（富山軌道線）の3号系統環状線を、夏休みの期間限定で増発すると発表した。
阪急阪神ホールディングス連結子会社の阪急電鉄・阪神電気鉄道・能勢電鉄・北大阪急行電鉄4社は7月1日、スルッとKANSAI対応カードの共通利用終了後も、4社のみ磁気式カードによる共通利用を継続すると発表した。これに対応した新しい磁気式カードも発売する。
JR九州と九州観光推進機構は7月1日、山陽・九州新幹線で「元気に！九州」と題したラッピング列車を運行すると発表した。熊本地震からの復興を目指し、九州観光推進機構とJR旅客4社が展開している「九州観光復興キャンペーン」の一環。
スルッとKANSAI協議会などは7月1日、関西圏の公共交通機関が導入しているスルッとKANSAI対応カードについて、2017年3月31日限りで発売を終了すると発表した。駅の自動改札やバスでの共通利用も2018年1月31日限りで終了する。
災害による鉄道路線の長期運休区間は、6月末時点で515.7km。5月末時点に比べ17.2km増えた。
JR東日本仙台支社は6月29日、仙石東北ラインの石巻線石巻（宮城県石巻市）～女川（女川町）間への乗入れ運転を8月6日から実施すると発表した。
JR東日本の新潟支社は6月27日、上越新幹線の列車内で「朝採り」の枝豆を7月から9月にかけて販売すると発表した。
西日本を中心とした大雨の影響で、中国・四国・九州地方の一部の鉄道路線で運転の見合わせが続いている。6月30日8時までにまとめた、主な運休路線（熊本地震などによるものを除く）は以下の通り。
JR北海道は6月28日、留萌本線の留萌（北海道留萌市）～増毛（増毛町）間16.7kmについて、廃止日を12月5日に繰り上げると発表した。これにより同区間は12月4日限りで運行を終了することが正式に決まった。
JR西日本は6月28日、北陸新幹線のトンネル内などで携帯電話サービスを利用できるよう、対策工事を実施すると発表した。
JR東海はこのほど、東海道本線の草薙駅（静岡市清水区）で進めてきた同駅とその周辺の整備事業について、9月18日の初発から橋上駅舎と自由通路の使用を開始すると発表した。
熊本地震の影響で一部区間が運休中の豊肥本線について、JR九州は6月24日、阿蘇（熊本県阿蘇市）～豊後荻（大分県竹田市）間25.3kmの運転を再開すると発表した。普通列車のほか特急列車の運転も再開する。
