長崎市内の路面電車を運営している長崎電気軌道は5月10日、脱線事故の影響で片方向の運転を見合わせている3号系統について、5月23日から全面的に再開すると発表した。6月とされていた当初の予定より若干早まる。
新幹線駅のホームや改札に設置されている発車案内表示器で、行き先や発車時刻などが表示されないトラブルが、JR東日本管内で発生した。不具合は東北・上越・北陸各新幹線の計44駅で発生。北陸新幹線はJR西日本の駅も含まれる。4日始発から発生した。
JR北海道は4月28日、運転を再開したばかりの留萌本線留萌（北海道留萌市）～増毛（増毛町）間16.7kmについて、鉄道事業の廃止を国土交通大臣に届け出たと発表した。
脱線事故の影響で美濃市～北濃間の運転を見合わせていた長良川鉄道は、4月25日の初発から全線の運転を再開した。
東武鉄道は4月25日、野田線（東武アーバンパークライン）の逆井（千葉県柏市）～六実（松戸市）間3.9kmで複線化の工事に着手すると発表した。
鉄道などの通信システムや設備を提案している旭光通信システム（本社・神奈川県川崎市）は「テクノフロンティア2016」に画期的なゴミ箱を披露した。それは、ゴミを捨てに来た人物を認識し、その中身も識別、おまけにそれを動かす電力はその人からもらう、というもの。
東武鉄道・野岩鉄道・会津鉄道の3社は4月21日、東武鉄道が導入を予定している新型特急電車の500系について、伊勢崎線（東武スカイツリーライン）の浅草駅（東京都台東区）から会津鉄道会津線の会津田島駅（福島県南会津町）まで直通運転を行うと発表した。
東武鉄道は4月21日、同社が計画している日光・鬼怒川エリアでの蒸気機関車復活運転について、蒸気機関車と客車のほか車掌車とディーゼル機関車を含む6両編成のSL列車として運転すると発表した。2017年夏をめどに営業運転を開始する。
JR貨物は4月21日、熊本地震の影響による不通区間が全て解消されたと発表した。地震発生から再開まで153本の貨物列車が運休した。
JR九州は4月21日、熊本地震の影響で運転を見合わせている区間のうち、鹿児島本線熊本～八代間の運転を13時に再開した。ただし一部の区間で徐行しており、本数を減らしての運転となっている。
