大井川鐵道は6月9日、急行『はまなす』で使われていた14系客車をJR北海道から購入したと発表した。大井川鐵道が運転しているSL列車の客車を増強するのが目的で、同社がSL列車用の客車を導入するのは24年ぶり。2017年6月から運用を開始する。
JR北海道の旭川支社は6月8日、留萌本線留萌（北海道留萌市）～増毛（増毛町）間の記念切符を発売すると発表した。6月10日の8時から留萌駅と深川駅（深川市）で販売する。
JR東日本は6月8日、東京オリンピックの開催（2020年）に向けた駅の改良工事について、競技会場の周辺にある3駅の改良計画がまとまったと発表した。3駅の工事費総額は約250億円を見込んでいる。
東日本旅客鉄道（JR東日本）と東京地下鉄（東京メトロ）は、2020年東京オリンピック・パラリンピック大会の国内スポンサーシップの一つであるオフィシャルパートナー契約を6月7日に締結した。締結により、呼称やマークを使用した広報活動などが可能となる。
JR東日本は6月8日、E235系電車の量産車を2017年春から新造し、山手線に投入すると発表した。現在の車両は中央・総武緩行線への転用改造などを行い、引き続き使用する。
六日町（新潟県南魚沼市）～犀潟（上越市）間59.5kmのほくほく線を運営する新潟県の第三セクター・北越急行と宅配便大手の佐川急便は、ほくほく線の旅客列車で宅配便の荷物を運ぶ「貨客混載事業」に取り組むことを決めた。
3月20日札幌発をもって一般臨時列車としての運行を終了したJR東日本の『カシオペア』用E26系客車が、ツアー列車として再び北海道に姿を見せた。
大井川鐵道は6月3日、井川線の奥大井湖上駅（静岡県川根本町）に「奥大井恋錠駅」という愛称を設定すると発表した。これに伴い「愛の恋錠」と題した錠・記念切符のセット販売を行う。
JR九州は6月3日、熊本地震の影響で本数を減らして運転している九州新幹線について、7月4日から通常ダイヤの本数に戻すと発表した。
長崎市内の公会堂前交差点で6月2日22時50分頃、長崎電気軌道の路面電車が脱線した。この影響で3号系統などが運転を見合わせている。
