阪急阪神ホールディングス連結子会社の阪急電鉄・阪神電気鉄道・能勢電鉄・北大阪急行電鉄4社は7月1日、スルッとKANSAI対応カードの共通利用終了後も、4社のみ磁気式カードによる共通利用を継続すると発表した。これに対応した新しい磁気式カードも発売する。
JR九州と九州観光推進機構は7月1日、山陽・九州新幹線で「元気に！九州」と題したラッピング列車を運行すると発表した。熊本地震からの復興を目指し、九州観光推進機構とJR旅客4社が展開している「九州観光復興キャンペーン」の一環。
スルッとKANSAI協議会などは7月1日、関西圏の公共交通機関が導入しているスルッとKANSAI対応カードについて、2017年3月31日限りで発売を終了すると発表した。駅の自動改札やバスでの共通利用も2018年1月31日限りで終了する。
災害による鉄道路線の長期運休区間は、6月末時点で515.7km。5月末時点に比べ17.2km増えた。
JR東日本仙台支社は6月29日、仙石東北ラインの石巻線石巻（宮城県石巻市）～女川（女川町）間への乗入れ運転を8月6日から実施すると発表した。
JR東日本の新潟支社は6月27日、上越新幹線の列車内で「朝採り」の枝豆を7月から9月にかけて販売すると発表した。
西日本を中心とした大雨の影響で、中国・四国・九州地方の一部の鉄道路線で運転の見合わせが続いている。6月30日8時までにまとめた、主な運休路線（熊本地震などによるものを除く）は以下の通り。
JR北海道は6月28日、留萌本線の留萌（北海道留萌市）～増毛（増毛町）間16.7kmについて、廃止日を12月5日に繰り上げると発表した。これにより同区間は12月4日限りで運行を終了することが正式に決まった。
JR西日本は6月28日、北陸新幹線のトンネル内などで携帯電話サービスを利用できるよう、対策工事を実施すると発表した。
JR東海はこのほど、東海道本線の草薙駅（静岡市清水区）で進めてきた同駅とその周辺の整備事業について、9月18日の初発から橋上駅舎と自由通路の使用を開始すると発表した。
