この3連休中も各地の鉄道に大きな爪痕を残した未曽有の大雪だが、連休明けの1月12日も信越地方を中心に運休が続いており、1月13日も次の区間が始発から運休となる。
・羽越本線/新津~新発田(終日)、新発田~酒田(7時頃まで)
・越後線/吉田~柏崎(終日)
・信越本線/新津~長岡(午前中)、長岡~直江津(終日)
・上越線/水上~長岡(終日)
・弥彦線/東三条~弥彦全線(終日)
・飯山線/森宮野原~越後川口(終日)
・只見線/小出~只見(終日)
・米坂線/坂町~今泉(終日)
・磐越西線/五泉~喜多方(終日)
・えちごトキめき鉄道/全線(終日)
・北越急行/くびき~犀潟(終日)
・木次線/木次~備後落合(当面の間運休、木次~出雲横田は1月13日から代行輸送)
このほか、軌道線の富山地方鉄道市内線では、富山駅~富山大学前間と環状線で除雪作業が続いており、1月12日時点で運行再開の目途は経っていない。また、JR北海道では留萌本線深川~留萌間、JR西日本では大糸線南小谷~糸魚川も1月12日は終日運休となっている。
なお、JR北海道では1月8日9時37分頃に、宗谷本線音威子府(おといねっぷ)駅(音威子府村)構内で、「排雪モータカーロータリー」と呼ばれる保線作業用機械が作業中に出火するという、前代未聞のトラブルが発生している。