JR西日本は9月12日、関西国際空港内にある関西空港駅（大阪府田尻町）の販売体制を強化すると発表した。訪日外国人客の増加に伴い、切符売場の窓口の増設などを行う。
JR西日本は9月12日、2017年春の運行開始を予定しているクルーズ・トレイン『TWILIGHT EXPRESS 瑞風』のアンバサダーに、バイオリニストの葉加瀬太郎さんが就任したと発表した。同日、帝国ホテル（東京都千代田区）で就任発表会が開かれた。
テレビ東京の美術エンターテインメント番組「美の巨人たち」では、「D51型蒸気機関車と新幹線0系電車」を9月17日に放映する。「デゴイチ」の愛称で知られる蒸気機関車 D51と、新幹線最初の車両 0系の美の秘密を紹介する。
国土交通省は、2016年度の「モーダルシフト等推進事業」を募集している。
JR東日本は9月から10月にかけ、東京駅（東京都千代田区）とドイツ鉄道（DB）フランクフルト中央駅（ヘッセン州フランクフルト・アム・マイン）の姉妹駅締結1周年記念イベント「German Fest in Tokyo station」を東京駅で開催する。
東武鉄道は9月12日から、「東武鉄道 SL復活運転 SL到着・火入れ式記念乗車券」を東武線の主な駅などで発売する。発売額は1000円。
東京急行電鉄（東急）と東京地下鉄（東京メトロ）は、東急東横線・東京メトロ日比谷線の中目黒駅（東京都目黒区）付近で整備を進めてきた商業施設「中目黒高架下」を、11月にオープンする。
近畿日本鉄道（近鉄）は10月から11月にかけ、車両基地の一般公開イベント「きんてつ鉄道まつり2016」を開催する。
JR貨物は6日から7日に掛けての間、JR東日本が来春から運行を開始する豪華クルーズ列車「TRAIN SUITE 四季島（トランスイートしきしま）」に使用される車両を製造メーカーの川崎重工業・兵庫工場から、関東地方の車両基地に向けて輸送した。
物流の新たな手段となるか。旅客専用線の地下鉄に貨物専用列車を走らせ、都心の輸送効率化と環境を考える実証実験が9日から、東京メトロ有楽町線と相互乗り入れする東武鉄道東上線で始まった。
