6月29日も大雨の影響でJR北海道の一部線区で運行見合せが発生している（情報は14時55分時点のもの）。
宗谷本線名寄～稚内間、留萌本線（深川～留萌）、石北本線上川～遠軽間の特急を除く列車が終日運休となっているほか、函館本線長万部～函館間では黒岩～山崎間で河川が増水していることから、普通列車の部分運休や全区間運休が相次いでおり、大雨の影響は6月30日未明まで続く模様だ。
また特急で16時以降に始発駅を発車する列車では、函館～札幌間の『北斗17・19・20・21・22号』、稚内→札幌間の『宗谷』、旭川→網走間の『大雪3号』が全区間運休する。
5時6分に発表された気象庁からの情報によると、6月30日までの24時間で北海道内では120mmの雨量が予想されており、函館～札幌間系統を中心に今夜一杯注意が必要だ。
なお、6月28日に大嵐（おおぞれ）～小和田（こわだ）間で落石発生を知らせる警報装置が作動した飯田線だが、現在は通常運行に戻っている。
