約2カ月のインターバルを挟んでのシリーズ再開となる富士戦。予選日は雨量が変化し続ける難しい天候での戦いになった。そのなかで行なわれた3段階ノックアウト方式予選で見事に1-2グリッド独占を成し遂げたのが、LENOVO TEAM IMPUL（搭載エンジンはトヨタ）である。アンドレア・カルダレッリ（#20）がポール、そしてジョアオ・パオロ・デ・オリベイラ（#19）が2位に続いた。
ホンダ勢は19台中の下位5台が落ちるQ1でノックアウト枠を独占するなど苦戦したが、上位8台で争うQ3には大祐とナレイン・カーティケヤン（#41 DOCOMO TEAM DANDELION RACING）が進出を果たし、カーティケヤンも5位と健闘した。大祐とカーティケヤンに挟まれた予選4位は2年目の若手・中山雄一（#18 KCMG/トヨタ）。
予選6～7位には小林可夢偉（#8）、平川亮（#7）とKYGNUS SUNOCO Team LeMans（エンジンはトヨタ）の2台が続いた。可夢偉は富士の現コースでまともにレースを戦うのは実質初（荒天の13年WECでの参戦経験はあるが）。しかも雨で、その量が変化し続けるという厳しい環境での予選だった。「毎ラップのように状況が違うなか、正直クルマ（セッティング）もあまり決まっていませんでしたけど、それでなんとかギリギリQ3まで残って6位というのは、こんなもんかな、という感じですね」。僚友・平川ともども、決勝での浮上に期待がかかる。
前年王者で、WECでの負傷により前戦を欠場、今回がSFにおける復帰レースの中嶋一貴（#1 PETRONAS TEAM TOM’S/トヨタ）は予選8位。また、前戦優勝の石浦宏明（#38 P.MU/CERUMO・INGING/トヨタ）は10位、開幕戦優勝のアンドレ・ロッテラー（#2 PETRONAS TEAM TOM’S/トヨタ）が12位、そして13年王者の山本尚貴（#16 TEAM 無限/ホンダ）が最下位19位に沈むなど、難コンディション下での波乱と思われる事象も起きている。彼らの巻き返しも決勝での焦点となるだろう。
