ボーイング社は、軍の兵士や物資を世界中に輸送する機能を増加させる為、2機のC-40Aクリッパー輸送機の追加に対する1億4500万ドルのオーダーをアメリカ海軍より受け取った。
改良が施された次世代の737-700航空機は、古くなったDC-9をベースにしたC-9Bスカイ列車編隊を入れ替える、海軍独自の必須空輸編隊交換航空機プログラムの中の、13番目と14番目のC-40Aとなる。
C-40Aプログラムの中のボーイング737航空機はワシントン州のレントンで製造され、改良と認可を受ける為にサンアントニオにある同会社の施設に輸送される。ボーイング社は2001年に最初のC-40Aを海軍に配送した。