16日15時37分頃、名古屋市昭和区の市営地下鉄「御器所駅」の駅員がホームに煙が充満していることを発見、運転指令室に通報した。
長良川鉄道は4月15日に発生した脱線事故の影響で、16日は全線で列車の運行を見合わせている。
4月17日から運行が始まる西武鉄道の観光電車「西武 旅するレストラン 52席の至福」について、同社は「九州地方の地震で大きな被害が出ている」ことを受け、出発式の中止を決めた。
気象庁によると4月16日未明の1時25分、熊本県南阿蘇村などで最大震度6強の地震が発生した。地震の規模を表すマグニチュードは、4月14日夜の地震より大きい7.3と推定される。同庁は今回の地震が「本震」で、4月14日夜の地震は「前震」だったという見方を示した。
新橋と勝どき・豊洲の間に走り出すBRT（バス高速輸送システム）は、2019年の環状2号地下トンネル供用開始にあわせて営業が始まる見込み。その環2は、築地市場の地下を通るトンネルが完成するまで、築地市場の裏出口の道を借りるかたちで2016年に暫定開業する。
熊本県益城町で震度7の揺れを観測した地震の影響で、JR九州は現在も九州新幹線など一部の鉄道路線で運転を見合わせている。
三重県・四日市市・近畿日本鉄道（近鉄）の3者は4月14日、近鉄川原町駅付近の連続立体交差事業（連立事業）について、5月7日の初発から上り線（名古屋方面）を高架線に切り替えると発表した。これにより上下線とも高架化が完了する。
JR北海道は4月13日、開業後16日間（3月26日～4月10日）の北海道新幹線の利用状況を発表した。前年同時期の在来線特急・急行に比べ、利用者数は2倍以上。ゴールデンウィーク（4月28日～5月8日）も4月10日時点で前年の倍以上の予約が入っている。
最大震度7の地震発生から一夜明けた4月15日の朝、九州地方の鉄道路線は熊本県内を中心に、一部で運転を見合わせる。
新潟県のえちごトキめき鉄道は4月23日から、リゾート車両「雪月花」の運行開始にちなんだ記念入場券を発売する。
