叡山電鉄は5月3日、テレビアニメ「三者三葉」のラッピング車両の運転を始めた。芳文社の漫画誌「まんがタイムきらら」とのコラボレーション企画の一環。同時に「NEW GAME！」の第二弾ラッピング車両も運転を開始した。
川崎重工業が発表した2016年3月期の連結決算は、経常利益が前年同期比10.6％増の932億円と増益となった。
災害による鉄道路線の長期運休区間は、4月末時点で計498.5kmだった。4月14日以降、最大震度7の地震が2回発生した熊本地震の影響で、3月末時点に比べ53.6kmの増加となった。
JR北海道の元『北斗星』客車2両が解体を免れ、北海道北斗市内で保存される見通しとなった。
JR北海道は4月28日、運転を再開したばかりの留萌本線留萌（北海道留萌市）～増毛（増毛町）間16.7kmについて、鉄道事業の廃止を国土交通大臣に届け出たと発表した。
毎年4月に幕張メッセ（千葉市美浜区）で開催されているイベント「ニコニコ超会議」の一環として、今年も『ニコニコ超会議号』が4月28日から29日にかけて運転された。5回目となる今回は、関西発～関東着の夜行運転が復活。JR東海の線路を初めて走った。
JR九州は5月のゴールデンウィーク期間中、鹿児島本線の博多（福岡市博多区）～門司港（北九州市門司区）間で、特急『あそぼーい！』の臨時運転を行う。運転日は5月3～5・7・8日の計5日間。全席指定で4月29日から切符の販売を開始する。
西武鉄道と秩父鉄道の2社は4月27日、西武秩父線の西武秩父駅（埼玉県秩父市）を発車して、秩父鉄道の三峰口駅に向かう臨時SL列車を運転すると発表した。運転日は5月28・29日の2日間。SL列車に連絡する臨時列車も池袋～西武秩父間で運転される。
脱線事故の影響で美濃市～北濃間の運転を見合わせていた長良川鉄道は、4月25日の初発から全線の運転を再開した。
JR九州は4月26日、熊本地震の影響で一部区間の運転を見合わせている九州新幹線について、27日の午後から全線の運転を再開することを決めた。28日には豊肥本線豊後荻～豊後竹田間の運転も再開する。
