事故・災害による鉄道路線の長期運休区間は、5月末時点で515.6kmだった。4月に秋田内陸線（秋田県）などが運転を再開したが、5月はわたらせ渓谷線（群馬県）で脱線事故が発生するなどし、運休距離が伸びている。
つくばエクスプレス線（TX）を運営する首都圏新都市鉄道は6月1日、2016年度の営業実績を発表した。輸送人員は2015年度に比べ4.0％の増加。経常損益は8期連続の黒字を達成した。
小田急電鉄は6月2日、公式スマートフォンアプリ「小田急アプリ」を6月7日から配信すると発表した。時刻表や駅構内図などを確認できるほか、リアルタイム運行情報や災害関連情報も提供される。
伊東（静岡県伊東市）と伊豆急下田（静岡県下田市）を結ぶ伊豆急行は、6月1日からサイクルトレインを本格的に開始した。同鉄道では4月1日から5月31日までサイクルトレインの実証実験を行なっていた。
新京成電鉄（千葉県）は6月1日、同社の8000形電車が「茶色帯のリバイバルカラー」で再登場すると発表した。6月3日のイベントでお披露目する。
西武鉄道は6月1日、休止から50年が経過していた安比奈線（埼玉県川越市）の鉄道事業を、5月31日に廃止したと発表した。
京都市交通局は5月31日、京都市営地下鉄の車両に搭載されている案内表示器を6月から更新すると発表した。
JR山手線・中央線・京浜東北線の神田駅。北口改札を出て、地下鉄銀座線の階段へと続く途中に、カウンター13席の小さなバーが出現。6月1日から営業を開始した「鉄道ファンの新たな憩いの飲食店」、神田鐵道倶楽部だ。
士幌線鉄道廃線まつり実行委員会は、6月1日から7月13日まで「士幌線鉄道廃線まつり」を北海道上士幌町周辺で開催する。北海道の帯広（帯広市）と十勝三股（上士幌町）を結んでいた国鉄士幌線が廃止されてから30周年を迎えることを記念した企画。
30日午後2時40分ごろ、奈良県桜井市内にあるJR桜井線の踏切で、踏切内に立ち往生していた乗用車と、通過中の普通列車が衝突する事故が起きた。クルマは中破したが、乗っていた4人は衝突前に車外へ脱出しており、人的な被害は無かった。
