JR東海は8月25日、大雨により一部区間で運行を見合わせていた中央本線（中央西線）が9月3日までに全線再開すると発表した。
奈良井～塩尻間が8月28日、南木曽（なぎそ）～上松（あげまつ）間が9月3日に再開することになり、奈良井～塩尻間は9月2日まで特別ダイヤで運行される。
これにより名古屋発着の特急『（ワイドビュー）しなの』の運行も9月3日に再開される。
一方、塩尻で接続するJR東日本の中央本線（中央東線）岡谷～辰野～塩尻間は、岡谷～辰野間が8月26日に臨時ダイヤにより再開。辰野～塩尻間は9月上旬の再開を目指すとしている。
このほかJR西日本では、広島県内の呉線安芸長浜～大乗（おおのり）間にある東川トンネル（広島県竹原市）上部を流れる東川の護岸や河床が洗堀され、応急処置として河床に保護シートが設置されたものの、その後の増水により流されたため、呉線糸崎～竹原間で依然運行を見合わせている。そのため、三原～竹原間でバスによる代行輸送が行なわれている。
また、山口県内の小野田～厚狭（あさ）間で大規模な路盤流出や架線柱の倒壊、架線や信号ケーブルの切断などが発生している山陽本線では、厚東（ことう）～厚狭間で運行を見合わせており、最短で9月上旬の再開を目指すとしている。そのため、現在は厚東～厚狭間でバス、新山口～厚狭間で山陽新幹線による代行輸送が行なわれている。
