ヤマハ発動機は9月29日、『トレーサー9 GT+ Y-AMT』と『MT-09 S』（商品名『MT-09 Y-AMT』）の2車種について、国土交通省にリコール（回収・無償修理）を届け出た。対象は計1289台。リコール開始日は9月30日だ。
不具合があるのは、動力伝達装置（変速機）。Y-AMT搭載車両の変速機で、シフトシャフトの強度検討が不十分だったため、変速を繰り返すことでシフトシャフトが破損することがある。
このため変速不良が発生してエンジン警告灯が点灯し、最悪の場合、Y-AMTが停止して変速操作ができなくなり、走行不能となるおそれがある。Y-AMTは「YAMAHA AUTOMATED MANUAL TRANSMISSION」の略で、自動変速機構を指す。
改善箇所改善措置として、全車両のシフトシャフトを対策品に交換する。不具合は40件確認されており、事故は発生していない。
対象車はトレーサー9 GT+ Y-AMT（型式8BL-RNA1J）が686台で、製作期間は2025年4月9日から2026年7月27日。MT-09 S（型式8BL-RN88J）が603台で、製作期間は2024年6月10日から2026年8月19日となる。2車種合計で1289台がリコール対象となる。
