マツダ3のハッチバック、セダンともに100周年記念車が設定され、スノーフレイクホワイトパールのエクステリアカラーを身に纏い、フロントフェンダー部には創立100周年記念バッジをあしらった。センターホイールキャップには同社の旧社名「東洋工業」時代のロゴと現在のブランドシンボルマークを組み合わせた創立100周年スペシャルロゴが入れられている。ヘッドレストや専用の化粧箱に入ったキーフォブも同様にスペシャルロゴが刻印され、フロアマットには記念バッジ、フロアカーペットにはバーガンディカラーが採用された。
100周年特別記念車のベース車は、ボーズサウンドシステムや360°セーフティパッケージなどが別途追加された2.0リットルガソリンエンジン搭載の「20S L Package」の他、1.8リットルディーゼルエンジン搭載の「XD L Package」、SKYACTIV-X搭載の「X L Package」の3種類。ハッチバックタイプの場合、先進安全装備や運転支援機能、加飾などが別途追加された1.5リットルガソリンエンジン搭載の「15S Touring」が選択肢に加わる。駆動方式はそれそれに2WD（FF）と4WDが設定されている。
価格は、ハッチバックタイプが289万3869円から394万343円まで。セダンタイプは302万1436円から394万343円までとなっている。
