JR九州、JR西日本、熊本県などは共同で、「名探偵コナン 熊本・阿蘇ミステリーツアー」を4月27日から11月24日まで実施する。
同ツアーでは、参加者が熊本・阿蘇エリアの観光名所を巡って推理の手掛かりを集め、名探偵コナンの主人公・江戸川コナンたちが熊本・阿蘇で巻き込まれた事件を解決する。ツアーオリジナルの本格的なストーリーを用意し、参加者自身が名探偵コナンの謎解きを体験できる内容となっている。
正解は、ツアー終了後に週刊少年サンデー誌面で発表。さらに、TVアニメで「解答編」も12月に放送を予定している。