京都市と京福電気鉄道は9月23日、右京区内にある京福電鉄北野線の撮影所前駅からJR山陰本線（嵯峨野線）の太秦駅までの道路を改良すると発表した。両駅間を移動して乗り継ぐ人の誘導や安全の確保を図る。
台風16号の影響で運転を見合わせていた鉄道各線は、9月21日までに大半が運転を再開した。国土交通省が9月23日7時時点の情報としてまとめたところによると、運休中の路線はJR九州の指宿枕崎線の一部のみとなっている。
土木学会は9月20日、2016年度の「土木学会選奨土木遺産」が決まったと発表した。選定された24件のうち、鉄道関係では「旧国鉄五新線（未成線）鉄道構造物群」などが選ばれた。
18日午後4時ごろ、山形県酒田市内にあるJR羽越本線の踏切で、踏切内に立ち往生していた軽乗用車と、通過中の特急列車が衝突する事故が起きた。この事故でクルマを運転していた56歳の女性が死亡している。
JR東日本の高崎支社は9月21日、特急『草津』などで運用している651系特急形電車の7両編成1本に、群馬県のマスコット「ぐんまちゃん」のラッピングを施すと発表した。10月1日から始まる「ググッとぐんま観光キャンペーン」の一環。
東京地下鉄（東京メトロ）は9月20日、利用者の荷物を一時的に預かる「クロークサービス」を期間限定で実施すると発表した。
JR東日本仙台支社は9月28日、米坂線米沢（山形県米沢市）～今泉（長井市）間23.0kmの開業90周年に伴い記念入場券を発売する。
東京都交通局は9月21日、都営三田線のダイヤ改正を10月21日に実施すると発表した。朝のラッシュ時に高島平（東京都板橋区）～御成門（港区）間で増発を行う。
JR東日本の盛岡支社は9月21日、運休中の山田線宮古（岩手県宮古市）～釜石（釜石市）間について、復旧工事の進ちょく状況を発表した。三陸鉄道が列車の運行を引き継ぎ、2018年度内の再開を目指す。
阪神電気鉄道は11月3日、「鉄道の日 はんしんまつり2016」を尼崎車庫（兵庫県尼崎市、阪神尼崎駅から徒歩約5分）で開催する。開催時間は10時から16時まで。
