赤羽岩淵（東京都北区）～浦和美園（さいたま市緑区）間14.6kmの埼玉高速鉄道線を運営する埼玉高速鉄道は、「2016鉄道の日記念乗車券」を10月2日から発売する。
JR東日本は11月12日から、飯山線・上越線の快速『SL飯山線ロマン号』の運転記念切符を発売する。
高岡駅（富山県高岡市）～越ノ潟（射水市）間12.9kmの高岡軌道線・新湊港線を運営する万葉線は10月11日、新湊港線の射水市新湊庁舎前駅を「西新湊」に改称する。
JR東日本秋田支社は9月27日、脇本駅（秋田県男鹿市）の駅舎を改築すると発表した。9月28日から仮駅舎での営業が始まる。
京都府舞鶴市の多々見良三市長は9月27日、東京都内で記者会見を開き、北陸新幹線「舞鶴ルート」（敦賀～小浜～舞鶴～京都～新大阪）の実現に向け活発な誘致運動を展開していく方針を明らかにした。
南海電気鉄道と大阪府高石市は9月26日、高師浜線で「走る！工場夜景」と題したラッピング列車を運行すると発表した。10月8日に出発式を行う。
京浜急行電鉄（京急）は9月26日、ダイヤ改正を11月19日に実施すると発表した。平日ダイヤでは、着席保証列車『ウィング号』の運行時間を見直すほか、車両の増結による混雑緩和なども行う。
JR四国は9月26日、土讃線の観光列車『四国まんなか千年ものがたり』のデザインや運行計画などを発表した。2017年4月から運行を開始する。
政府は、リニア中央新幹線の整備を前倒しするため、鉄道建設・運輸施設整備支援機構が、JR東海に資金を貸付ける法改正案を閣議決定した。
JR西日本と大阪外環状鉄道の2社は9月26日、おおさか東線の北区間に設置する新駅の概要を発表した。「地域が刻んできた歴史と、暮らす人々のつながりを感じる駅」を北区間全体のデザインコンセプトとし、2019年春の開業を目指す。
