JR九州は12月16日、ダイヤ改正を2023年3月18日に実施すると発表した。また2023年4月1日にはグリーン料金の改定も実施される。
現行より1本減となる九州新幹線では一部のダイヤがパターンされ、博多駅（福岡市博多区）の平日13～20時台では、毎時01・06・36分発が基本となる。
博多駅における九州新幹線のパターンダイヤ（平日13～20時台）。『つばめ』ではほぼ1時間間隔での運行となり、博多駅での山陽新幹線『のぞみ』との接続はおおむね6分程度とされる。
『つばめ』（一部『さくら』）と『のぞみ』の接続改善。
鹿児島中央駅（鹿児島県鹿児島市）では『みずほ』の1番列車となる600号の時刻が25分繰り上がった6時35分発となり、朝の鹿児島中央発上り時刻が見直される。
このほか、熊本8時10分発の『つばめ308号』を鹿児島中央始発に変更し、鹿児島中央発『さくら542号』は出水・新水俣・新八代が通過となり速達性が向上する。
一方で下り最終『つばめ343号』が廃止され、博多駅からの下り終発が9分繰り上がる。これにより、在来線では熊本駅（熊本市西区）で鹿児島本線下り最終がおよそ10分、豊肥本線下り最終がおよそ15分繰り上がる。
なお、2022年9月に開業した西九州新幹線は若干の時刻変更があるのみで、運行本数は改正前と変わらない。
在来線は今回の改正で本数の変化はないが、速達タイプ以外の日豊特急『ソニック』が新たに鹿児島本線の赤間駅（福岡県宗像市）に停車。鹿児島本線ローカルでは福岡都市圏の朝夕通勤通学時間帯で一部列車の時刻や区間が見直される。
一方、グリーン料金の改定は2023年4月1日に実施され、新幹線は250～1040円、在来線特急は通常のグリーン料金が250～1620円、DXグリーン料金が400～2380円、個室グリーン料金が500～3240円値上げされる。
改定後のJR九州のグリーン料金。また、博多～直方（のおがた）間に適用されている特定グリーン料金は180円アップの500円となり、別府～宮崎間の相互間に適用されている特定グリーン料金は廃止される。
なお、『或る列車』『ななつ星in九州』『36ぷらす3』といった観光列車に適用されるグリーン料金は据え置かれる。
定員3人のみの「DXグリーン車」を営業している787系特急型電車。DXグリーン料金は201km以上の料金が3000円台から6000円台へ大幅にアップする。
