山梨県の大月駅（大月市）と河口湖駅（富士河口湖町）を結ぶ富士急行は、6月22日から6000系電車を改装した開業90周年記念車両をおもに普通列車として運行する。
JR西日本は6月14日、平成30年7月豪雨の影響で不通となり、復旧工事が続けられている芸備線三次～狩留家（かるが）間が、10月下旬にも全線再開できる見込みになったことを明らかにした。
JR東日本と東武鉄道（東武）は6月30日、東武の100系「スペーシア」を使用した臨時特急『スペーシア那須野号』を大宮～那須塩原間で運行する。
JR北海道は6月12日、日中に保線作業を実施する線路集中メンテナンス日を設定することを明らかにした。
JR北海道は6月12日、2023年春の開設を目指している「北海道ボールパーク」（仮称）に向けた千歳線北広島駅改修計画の概要を明らかにした。
東京地下鉄（東京メトロ）は6月12日、2021年度の完成を目指して移設工事が進められている銀座線渋谷駅（東京都渋谷区）の新ホームを2020年1月3日から供用開始する予定であることを明らかにした。
石井啓一国土交通大臣は6月11日に開催された会見で、6月6日に下飯田駅（横浜市泉区）付近で脱線事故が発生した横浜市営地下鉄1号線（ブルーライン）について、今後の対応を明らかにした。
石井啓一国土交通大臣は6月7日に開催された会見で、6月1日に金沢シーサイドライン新杉田駅（横浜市磯子区）で発生した逆走事故で、進行方向を伝える回路の一部に断線があったという報道について言及した。
横浜市交通局は6月10日、脱線事故で運行を見合わせていた横浜市営地下鉄1号線（ブルーライン）湘南台～踊場（おどりば）間を10時から再開した。
横浜市交通局は6月7日、下飯田駅（横浜市泉区）付近で6月6日未明に発生した脱線事故で運行を見合わせている横浜市営地下鉄1号線（ブルーライン）湘南台～踊場（おどりば）間の復旧は、早くとも6月9日になると発表した。
