JR西日本は6月29日、JR東日本、JR東海、JR四国、JR九州に跨る普通回数乗車券の発売を9月30日限りで終了すると発表した。
6月29日も大雨の影響でJR北海道の一部線区で運行見合せが発生している。
6月27日に東北南部や新潟地区に降り続いた大雨は、秋田県や青森県、北海道へ移り、6月28日はJR北海道やJR東日本の一部で運行を見合わせている線区が発生している。
JR四国は6月24日、日本一営業日が短い駅として知られている「津島ノ宮」臨時駅（香川県三豊市）を3年ぶりに営業すると発表した。
大雨の影響で、JR東日本の東北地区や新潟地区の一部線区で運行見合せが相次いでいる。
京都鉄道博物館（京都市下京区）は6月24日、建築限界測定用試験車のオヤ31形31号車（オヤ31 31）を7月26日から8月14日まで本館1階「車両のしくみ/車両工場」エリアで展示すると発表した。
令和2年7月豪雨の被災により現在、人吉温泉（熊本県人吉市）駅と肥後西村駅（熊本県錦町）との間で運行を見合わせているくま川鉄道が2025年度中に全線再開する見通しになった。同社が6月23日にYoutube上に開設した「くま鉄チャンネル」で公式に明らかにした。
東京都交通局は6月23日、日暮里駅（東京都荒川区）と見沼代親水公園駅（東京都足立区）を結ぶ案内軌条式の新交通システム「日暮里・舎人ライナー」へ6月25日から新型車両を投入すると発表した。
福岡県の黒崎駅前駅（北九州市八幡西区）と筑豊直方駅（直方市）を結ぶ筑豊電気鉄道（筑豊電鉄）は6月23日、2000形の運用を11月7日限りで終了すると発表した。
JR北海道は6月23日、北海道新幹線札幌駅の建設工事に伴なう周辺道路の規制計画を明らかにした。
斉藤鉄夫国土交通大臣は6月21日に開かれた定例会見で、JR九州肥薩線の復旧支援について記者の質問に答えた。
JR東海は6月20日、武豊線で7月1日以降に二酸化炭素（CO2）排出量実質ゼロで運行すると発表した。
千葉県の大原駅（いすみ市）と上総中野駅（大多喜町）を結ぶいすみ線を運営するいすみ鉄道は6月20日、レストラン列車を9月限りで終了すると発表した。
JR九州は6月20日、西九州新幹線で同日から開始した訓練運転の概要を明らかにした。
西武鉄道（西武）は6月16日、チケットレスサービス『Smooz』を12月に全面リニューアルすると発表した。
