JR九州は4月20日、熊本地震の影響で全線の運転を見合わせている九州新幹線について、新水俣（熊本県水俣市）～鹿児島中央（鹿児島市）間のみ本数を減らして再開する。残る博多～新水俣間は、新玉名～新八代間を中心に施設の被害が激しく、全線再開のめどはたっていない。
国土交通省や鉄道各社局などの発表によると、熊本地震の影響で運休中の鉄道路線は、4月19日17時50分時点で535.0km（営業距離ベース）。運休区間は以下の通り。
国土交通省や鉄道各社局の発表によると、熊本地震による鉄道の運休距離は、4月18日の18時30分時点で558.5km（営業距離ベース）。鹿児島本線（熊本以北）などの再開により、全体では600kmを割り込んだ。
熊本地震の影響で運転を見合わせている熊本電気鉄道は4月17日、藤崎宮前（熊本市中央区）～北熊本（北区）～御代志（熊本県合志市）間の運行を18日の初発から再開すると発表した。18日は月曜日だが、日曜・祝日ダイヤでの運行になる。
JR九州は4月17日、翌18日の運行計画（17日18時時点）を発表した。九州新幹線や熊本県内の在来線を中心に、引き続き運転を見合わせる。
国土地理院は4月17日、小型無人機（ドローン）で撮影した豊肥本線立野～赤水間の土砂崩れ現場の動画を公開した。
熊本県を中心とした地震の影響で、4月17日も熊本県や大分県を中心に一部の鉄道路線で運転の見合わせが続いている。
気象庁によると4月16日未明の1時25分、熊本県南阿蘇村などで最大震度6強の地震が発生した。地震の規模を表すマグニチュードは、4月14日夜の地震より大きい7.3と推定される。同庁は今回の地震が「本震」で、4月14日夜の地震は「前震」だったという見方を示した。
熊本県益城町で震度7の揺れを観測した地震の影響で、JR九州は現在も九州新幹線など一部の鉄道路線で運転を見合わせている。
最大震度7の地震発生から一夜明けた4月15日の朝、九州地方の鉄道路線は熊本県内を中心に、一部で運転を見合わせる。
