JR九州は6月28日、映画「劇場版ポケットモンスター ベストウィッシュ『神速のゲノセクト』」とのタイアップ企画「JR九州ポケモンスタンプラリー2013夏!!」を7月20日から9月1日まで実施すると発表した。
福岡、北九州、長崎、大分、熊本、鹿児島の6エリアで前期と後期に分け、2種類のスタンプラリーを開催する。各エリア4駅に設置されたスタンプを集め、集めた数に応じて賞品がプレゼントされる。門司港駅の近くにある九州鉄道記念館は「シークレットポイント」としてスタンプが設置され、どのエリアにおいてもスタンプ1個としてカウントする。
スタンプラリー向けのフリー切符「ポケモンスタンプラリー乗り放題きっぷ」も発売される。各エリアのスタンプ設置駅相互内の普通列車と快速列車が1日乗り降り自由で、新幹線や特急列車は特急券などを別途購入しても利用できない。発売額は各エリア共通で大人1500円、子供750円。発売期間は7月1日から9月1日まで、利用可能期間は7月20日から9月1日までとなる。