全国相互利用サービスに対応した交通系ICカードで、1カ月当たりの電子マネー利用件数が初めて1億5000万件を突破した。JR四国を除くJR旅客各社やPASMO協議会などが6月5日、発表した。
JR西日本の広島支社は6月4日、山口線の『SLやまぐち号』に導入する新型客車「35系」を新山口駅（山口市）で報道陣に公開した。戦前に製造された旧型客車をモチーフにデザインしたのが特徴。9月から営業運用に入る。
JR東日本新潟支社・長野支社は、5月19日に長野県飯山市照岡の井出川流域で発生した山腹崩落により、戸狩野沢温泉（長野県飯山市）～森宮野原（長野県栄村）間で運休が続いている飯山線で、6月5日からバス代行輸送を実施する。
事故・災害による鉄道路線の長期運休区間は、5月末時点で515.6kmだった。4月に秋田内陸線（秋田県）などが運転を再開したが、5月はわたらせ渓谷線（群馬県）で脱線事故が発生するなどし、運休距離が伸びている。
つくばエクスプレス線（TX）を運営する首都圏新都市鉄道は6月1日、2016年度の営業実績を発表した。輸送人員は2015年度に比べ4.0％の増加。経常損益は8期連続の黒字を達成した。
小田急電鉄は6月2日、公式スマートフォンアプリ「小田急アプリ」を6月7日から配信すると発表した。時刻表や駅構内図などを確認できるほか、リアルタイム運行情報や災害関連情報も提供される。
伊東（静岡県伊東市）と伊豆急下田（静岡県下田市）を結ぶ伊豆急行は、6月1日からサイクルトレインを本格的に開始した。同鉄道では4月1日から5月31日までサイクルトレインの実証実験を行なっていた。
新京成電鉄（千葉県）は6月1日、同社の8000形電車が「茶色帯のリバイバルカラー」で再登場すると発表した。6月3日のイベントでお披露目する。
西武鉄道は6月1日、休止から50年が経過していた安比奈線（埼玉県川越市）の鉄道事業を、5月31日に廃止したと発表した。
JR山手線・中央線・京浜東北線の神田駅。北口改札を出て、地下鉄銀座線の階段へと続く途中に、カウンター13席の小さなバーが出現。6月1日から営業を開始した「鉄道ファンの新たな憩いの飲食店」、神田鐵道倶楽部だ。
