災害による鉄道路線の長期運休区間は、3月末時点で計442.3kmだった。2月末時点に比べ33.3kmの減少。前年度末（2014年3月末）との比較では16.2kmの減少だが、岩泉線38.4kmが2014年4月1日付で不通のまま廃止されたため、同線を含めない場合の運休距離は22.2km増えている。
3月は東日本大震災による不通区間のうち、石巻線が4年ぶりに全線再開した。雪の影響による長期運休区間は、木次線が運行を再開。只見線の只見～大白川間と留萌本線の留萌～増毛間は引き続き運休している。
■JR北海道 留萌本線 留萌～増毛（北海道） 16.7km
線路脇の斜面で雪崩が発生する恐れがあるとして運休中。当初は代行輸送が行われていなかったが、3月25日から並行路線バスが運行されていない時間帯を中心に代行タクシーが運行されている。
■JR北海道 日高本線 鵡川～様似（北海道） 116.0km
1月に発生した低気圧による高波の影響で厚賀～大狩部間の線路脇の土砂が削り取られたため運休中。バスによる代行輸送が行われている。全区間の再開までには相当な時間がかかる模様。
■JR東日本 山田線 宮古～釜石（岩手県） 55.4km
2011年3月に発生した東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。代行輸送は行われていないが、岩手県北バスと岩手県交通の路線バスが運行されている。三陸鉄道が列車の運行を引き継ぐことを条件に復旧が決まり、3月から工事に着手した。
■JR東日本 大船渡線 気仙沼～盛（宮城県・岩手県） 43.7km
2011年3月に発生した東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。2013年3月から鉄道復旧までの暫定策としてBRTを導入し、線路敷地の一部を活用したバス専用道を整備した。
現在のBRT運行区間は気仙沼～盛間（長部経由）と鹿折唐桑～上鹿折間、陸前矢作～陸前高田間。このうち気仙沼～鹿折唐桑駅付近間2.3kmと竹駒駅付近0.5km、小友駅付近～大船渡～盛間13.2kmに専用道が整備された。ただし大船渡駅付近は土地区画整理事業に伴い、現在は一般道経由に変更されている。
■JR東日本 気仙沼線 柳津～気仙沼（宮城県） 55.3km
2011年3月に発生した東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。2012年8月から鉄道復旧までの暫定策としてBRTを導入し、線路敷地の一部を活用したバス専用道を整備した。
BRTは気仙沼線の不通区間と同じ柳津～気仙沼間で運行されており、陸前戸倉～志津川間のうち陸前戸倉寄りの3.5km、志津川～清水浜間の中間部3.8km、歌津～陸前小泉間のうち陸前小泉寄りを除く5.1km、本吉～小金沢間のうち本吉寄りの2.0km、陸前階上～最知間とその前後の5.0km、不動の沢～気仙沼間3.3kmは専用道を走行する。ただし志津川～清水浜間は早朝や夜間の一部を除いて専用道を通らず、一般道区間に設置したベイサイドアリーナ駅を経由する。
■JR東日本 仙石線 高城町～陸前小野（宮城県） 10.5km（※11.7kmより変更）
2011年3月に発生した東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。代行バスは不通区間の外側を含む松島海岸～矢本間で運行されており、列車と代行バスの乗換地点も松島海岸・矢本両駅となっている。
津波対策としてルートを内陸側に移設する工事が現在進められており、今年5月30日に再開することが決まった。ルートの変更を伴うため営業距離も変更され、3月14日付で1.2km短い10.5kmになった。
このほか、東北本線塩釜～松島間と仙石線松島海岸～高城町間の線路が接近する部分に新しい接続線（仙石線・東北本線接続線）を整備。高城町～陸前小野間の再開と同時に開業する。これに伴い、仙台～石巻間を東北本線・接続線・仙石線経由で結ぶ新系統「仙石東北ライン」が運行を開始する。
■JR東日本 常磐線 竜田～原ノ町（福島県） 46.0km
2011年3月に発生した東日本大震災による福島第一原子力発電所事故の影響で運休中。途中の夜ノ森・大野・双葉各駅は帰還困難区域内で、被害調査も進んでいない。これに対して富岡・浪江・桃内・小高・磐城太田各駅は避難指示解除準備区域に移行している。
並行する国道6号は2014年9月15日、自動車で通過する場合に限定して通行規制が解除されている。これを受けてJR東日本は今年1月31日から代行バスの運行を開始した。途中駅は全て通過している。
国土交通省は3月10日、この区間の再開時期の見通しを示しており、竜田～富岡間は「3年以内（2018年まで）をめど」、浪江～小高間は「遅くとも2年後（2017年）」、小高～原ノ町間は「2016年春まで」にそれぞれ再開の見込みとしている。残る富岡～浪江間も今夏には再開時期が示される見込み。
■JR東日本 常磐線 相馬～浜吉田（福島県・宮城県） 22.6km
2011年3月に発生した東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。バスによる代行輸送は不通区間より広い相馬～亘理間で行われており、宮城方の列車とバスの乗換地点も浜吉田駅ではなく亘理駅となっている。ルートを内陸側に移設する工事が進められており、2017年春にも列車の運行を再開する予定。
■JR東日本 只見線 会津川口～只見（福島県） 27.6km
2011年7月の豪雨で橋桁が流失するなどの被害。バスによる代行輸送が行われている。この区間はもともと利用者が極度に少なく、JR東日本は今のところ復旧の可否を明らかにしていない。福島県と沿線自治体はJR東日本に対し、復旧工事費の約4分の1を負担する提案を行っている。
■JR東日本 只見線 只見～大白川（福島県・新潟県） 20.8km
大雪の影響で運休中。代行輸送は行われていない。
■大井川鐵道 井川線 接岨峡温泉～井川（静岡県） 10.0km
大雨の影響で土砂崩れが発生し、2014年9月2日から末端側の接岨峡温泉～井川間のみ運行を見合わせている。復旧には相当な時間がかかる模様。
■JR東海 名松線 家城～伊勢奥津（三重県） 17.7km
2009年10月の台風18号により橋台の流失や土砂の流入などが発生。バスによる代行輸送が行われている。JR東海は当初、鉄道を廃止する方針を打ち出していたが、関係自治体が鉄道施設周辺の治山事業などを実施することを条件に復旧の方針に転換。2013年5月から工事に着手した。2016年春に再開する見込み。
◎（再開）JR東日本 石巻線 浦宿～女川（宮城県） 2.3km（※2.5kmより変更）
2011年3月に発生した東日本大震災の津波で路盤が流失するなどの被害。今年3月21日に再開した。終点の女川駅は内陸側に移設されたため、営業距離が3月14日付で0.2km短縮されている。
◎（再開）JR西日本 木次線 出雲横田～備後落合（島根県・広島県） 29.6km
大雪の影響で運休していたが、3月28日に再開した。
