JR東日本は12月31日深夜から2014年1月1日早朝にかけて、首都圏各線で初詣客や初日の出見物客向けの終夜運転を実施する。
終夜運転を行うのは、京浜東北線・根岸線、山手線、埼京線、中央線、青梅線、常磐線、総武線、成田線、高崎線、湘南新宿ライン、横須賀線、京葉線など。埼京線は東京臨海高速鉄道りんかい線、常磐線各駅停車は東京メトロ千代田線との直通運転を行う。湘南新宿ラインは今回、小金井~逗子間の運転となり、宇都宮~小金井間は終夜運転区間から外された。
終夜運転の実施線区や運転間隔などは以下の通り。
■京浜東北線・根岸線
大宮~桜木町間:1~4時頃=約30分間隔
桜木町~大船間:1~4時頃=約60~80分間隔
■山手線
内回り:1~5時頃=約12分間隔
外回り:1~5時頃=約10分間隔
■埼京線 ※りんかい線に直通運転
(新木場~)大崎~大宮間:1~4時頃=約60分間隔
■中央線 ※御茶ノ水~三鷹間は各駅停車
東京~高尾間:0~5時頃=約20~40分間隔
■青梅線
立川~御嶽間:2~5時頃=約50分間隔
■中央線・総武線各駅停車
中野~千葉間:1~5時頃=約20~40分間隔
■常磐線各駅停車 ※東京メトロ千代田線に直通運転
綾瀬発我孫子行:綾瀬発1時49分・3時19分
我孫子発代々木上原行き:我孫子発2時30分・4時5分
■総武本線・成田線 ※千葉~成田間は快速運転
千葉~成田間:0時50分~4時30分頃=約60分間隔
■成田線
我孫子~成田間(下り):我孫子発1時・2時30分
我孫子~成田間(上り):成田発1時43分・3時13分
■高崎線
上野~籠原間(下り):上野発1時55分・2時55分
上野~籠原間(上り):籠原発0時1分・1時1分
■宇都宮線・横須賀線(湘南新宿ライン)
小金井~逗子間:0~5時頃=約60分間隔
■横須賀線
大崎~逗子間:0~5時頃:約30分間隔
■京葉線
東京~海浜幕張間:1~5時頃=約15~30分間隔
海浜幕張~蘇我間:1~5時頃=約45分間隔
東京~西船橋間:0時30分~5時頃=約45分間隔