JR北海道は4月28日、運転を再開したばかりの留萌本線留萌（北海道留萌市）～増毛（増毛町）間16.7kmについて、鉄道事業の廃止を国土交通大臣に届け出たと発表した。
脱線事故の影響で美濃市～北濃間の運転を見合わせていた長良川鉄道は、4月25日の初発から全線の運転を再開した。
東武鉄道は4月25日、野田線（東武アーバンパークライン）の逆井（千葉県柏市）～六実（松戸市）間3.9kmで複線化の工事に着手すると発表した。
鉄道などの通信システムや設備を提案している旭光通信システム（本社・神奈川県川崎市）は「テクノフロンティア2016」に画期的なゴミ箱を披露した。それは、ゴミを捨てに来た人物を認識し、その中身も識別、おまけにそれを動かす電力はその人からもらう、というもの。
東武鉄道・野岩鉄道・会津鉄道の3社は4月21日、東武鉄道が導入を予定している新型特急電車の500系について、伊勢崎線（東武スカイツリーライン）の浅草駅（東京都台東区）から会津鉄道会津線の会津田島駅（福島県南会津町）まで直通運転を行うと発表した。
東武鉄道は4月21日、同社が計画している日光・鬼怒川エリアでの蒸気機関車復活運転について、蒸気機関車と客車のほか車掌車とディーゼル機関車を含む6両編成のSL列車として運転すると発表した。2017年夏をめどに営業運転を開始する。
JR貨物は4月21日、熊本地震の影響による不通区間が全て解消されたと発表した。地震発生から再開まで153本の貨物列車が運休した。
JR九州は4月21日、熊本地震の影響で運転を見合わせている区間のうち、鹿児島本線熊本～八代間の運転を13時に再開した。ただし一部の区間で徐行しており、本数を減らしての運転となっている。
JR北海道は4月20日、留萌本線留萌（留萌市）～増毛（増毛町）間の運転を4月28日の初発から再開すると発表した。タクシー代行輸送は4月27日限りで終了する。
JR貨物は4月18日、熊本地震の救援物資輸送に対応した臨時貨物列車を、吹田貨物ターミナル（大阪府吹田市）～福岡貨物ターミナル（福岡市東区）間で運行すると発表した。吹田発は4月19日から当分の間運行し、福岡発も4月20日から当分の間運行する。
JR東日本の東京・横浜両支社は4月19日、東海道本線の特急『踊り子』で車掌による車内改札（検札）をやめると発表した。4月25日から開始する。
工学院大学の曽根悟特任教授は、4月16日の同大学公開講座で、「日本には中速鉄道というカテゴリが存在しない。在来線では、京成スカイライナーの一部区間に160km/h運転が存在するだけ。低速か高速しかない、いびつな関係」と伝え、在来線の高速化について語った。
日本の鉄道の可能性や課題について学ぶ公開講座『鉄道イノベーション~もっと身近で便利な鉄道に~ 』が16日、工学院大学の新宿キャンパスで開催された。会場には募集予定の200人を大きく超え、300人近くの聴講者が参集。大盛況となった。
長良川鉄道は4月15日に発生した脱線事故の影響で、16日は全線で列車の運行を見合わせている。
JR北海道は4月13日、開業後16日間（3月26日～4月10日）の北海道新幹線の利用状況を発表した。前年同時期の在来線特急・急行に比べ、利用者数は2倍以上。ゴールデンウィーク（4月28日～5月8日）も4月10日時点で前年の倍以上の予約が入っている。
