JR九州は4月25日、特急『あそぼーい!91~94号』を7月8日から別府・大分~阿蘇間で運行すると発表した。
岩手県は4月25日、復興大臣の今村雅弘衆議院議員(自民)が「三陸鉄道オーナー制度」により三陸鉄道のオーナーに就任したと発表した。同日、復興庁でオーナー証の贈呈式が行われたが、今村議員は翌26日に復興相を辞任した。
JR九州は4月25日、普通列車用の811系電車をリニューアルすると発表した。リニューアルが完了した最初の1編成の運用が4月27日から始まる。
JR西日本・JR四国・JR九州の3社は4月12日、3社が展開・連携している列車のインターネット予約サービスで、5月16日から現金払いに対応すると発表した。コンビニエンスストアなどでも支払えるようになる。
事故・災害による鉄道路線の長期運休区間は、3月末時点で計473.3kmだった。2月末時点に比べ40.7km減少した。2015年度末(2016年3月末)との比較では28.4km増加している。