3月26日に開業した北海道新幹線を運営するJR北海道は3月29日、開業後3日間(3月26~28日)の同線の利用状況を発表した。
1988年3月の津軽海峡線開業以来、青森と札幌を結んでいた急行『はまなす』が、青森3月21日発の下り列車を最後に運行を終了した。これによりJR線上から定期の急行列車がすべて姿を消した。
1999年7月の運行開始以来、上野と札幌を結んでいた臨時寝台特急『カシオペア』の上り最終列車が、3月20日に札幌を後にした。同列車の翌21日上野着をもって、1988年3月以来の上野~札幌間在来旅客列車の歴史にピリオドが打たれる。
新宿と世界遺産「日光の社寺」や鬼怒川を結ぶJR・東武 直通特急が、3月18日で誕生10周年を迎えた。かつての競合2社がタッグを組み、首都圏と日光・鬼怒川の間を行く“王道”として、さらに存在感を際立たせているなか、マイカー利用客や高速バスにも動きが出てきた。
東日本大震災の影響で一部の区間が不通となっている気仙沼線について、沿線の宮城県気仙沼市は3月18日、JR東日本が提案していたバス高速輸送システム(BRT)による「本格復旧」を受け入れると発表した。鉄道による復旧が正式に断念され、BRTの運行が継続される。
3月15日に発生した信号装置の故障で一部の区間が不通になっている高崎線は、3月17日13時頃に全線の運転を再開する。
籠原駅(埼玉県熊谷市)付近での信号装置の故障で3月15日から一部の区間で運転を見合わせている高崎線は、16日も東京~上野間と熊谷~岡部間で運転を見合わせている。
JR東日本の高崎線は、3月15日早朝に発生した籠原駅(埼玉県熊谷市)付近の信号装置の故障で、現在も一部の区間で運転を見合わせている。
JR東日本八王子支社と同社子会社のJR中央ラインモールは3月10日、中央線国立駅(東京都国立市)の西側高架下に保育園を開設すると発表した。4月1日に開園する。
JR東日本は3月10日、震災や原発事故により一部の区間が不通になっている常磐線について、2019年度末までに全線の運転再開を目指すと発表した。
「ご案内 小田栄駅、北海道新幹線は、2016年3月26日に開業します」首都圏を走るJR東日本の電車内にある路線図には、そう記されたステッカーが貼られていた。ダイヤ改正が実施される3月、時刻表や路線図を変更するタイミングは、各社でそれぞれ違いがある。
災害による鉄道路線の長期運休区間は、2月末時点で462.6kmだった。1月末時点より12.9km減少した。雪の影響で一部不通となっていたJR西日本の木次線が再開した一方、JR北海道の留萌本線が雪崩の恐れから一部運休となっている。