JR東日本仙台支社は6月29日、仙石東北ラインの石巻線石巻（宮城県石巻市）～女川（女川町）間への乗入れ運転を8月6日から実施すると発表した。
JR西日本は6月28日、北陸新幹線のトンネル内などで携帯電話サービスを利用できるよう、対策工事を実施すると発表した。
熊本地震の影響で一部区間が運休中の豊肥本線について、JR九州は6月24日、阿蘇（熊本県阿蘇市）～豊後荻（大分県竹田市）間25.3kmの運転を再開すると発表した。普通列車のほか特急列車の運転も再開する。
JR西日本は6月24日、近畿車輛の本社工場（大阪府東大阪市）で、新型車両の323系電車を報道陣に公開した。早ければ年内にも大阪環状線・桜島線（JRゆめ咲線）で営業運転を開始。両線で運用されている車両のうち旧国鉄車の103系電車や201系電車を置き換えていく。
東京急行電鉄（東急）と同社グループの伊豆急行は6月22日、伊豆エリアに「新たな列車」を導入すると発表した。2017年の運行開始を目指す。
JR東日本が提供する公式アプリ「JR東日本アプリ」。現在位置に合わせ、運行状況やエキナカ・マチナカの情報の表示が行えるほか、切符の予約などにも対応しており、首都圏では重宝されている。
JR西日本の近畿統括本部は6月20日、225系電車の「アップデート」に相当する改良車のうち、阪和線用の車両を7月1日から営業運転すると発表した。
JR東日本とNTTドコモ、KDDI、ソフトバンクは6月17日、北陸新幹線高崎（群馬県高崎市）～安中榛名（安中市）間のトンネル内で、6月28日の初発列車から携帯電話サービスの提供を始めると発表した。
東京地下鉄（東京メトロ）と同社の有楽町線・副都心線への乗入れ列車を運行している大手私鉄・第三セクターの計4社は6月16日、西武鉄道の西武秩父線と横浜高速鉄道のみなとみらい線を結ぶ「有料の座席指定制直通列車」を、2017年春から運行すると発表した。
JR西日本は6月15日、「遠隔セキュリティカメラ」のシステムを三ノ宮駅（神戸市中央区）に導入すると発表した。12月上旬にも運用を開始する。
JR西日本は6月15日、大阪駅（大阪市北区）の6・7番線ホームに可動式ホーム柵(ホームドア）を設置すると発表した。2017年春頃の使用開始を目指す。
広島市街を中心とした路面電車網を運営する広島電鉄は6月12日、車内で飲食できるイベント電車「TRAIN ROUGE（トランルージュ）」を千田車庫（広島市中区）でお披露目した。7月1日から市内線での営業運転が始まる。
脱線事故の影響で一部系統の運休が続いている長崎電気軌道は、6月10日15時30分から3号系統の赤迫行きを除いて運行を再開する。
小田急電鉄は6月9日、小田原線の代々木上原（東京都渋谷区）～梅ヶ丘（世田谷区）間の約2kmで進めている複々線化の工事現場を報道陣に公開した。2018年度の事業完成に向け、工事は順調に進んでいる。
大井川鐵道は6月9日、急行『はまなす』で使われていた14系客車をJR北海道から購入したと発表した。大井川鐵道が運転しているSL列車の客車を増強するのが目的で、同社がSL列車用の客車を導入するのは24年ぶり。2017年6月から運用を開始する。
