JR貨物は、2013年3月16日付けでダイヤ改正を実施すると発表した。
国鉄時代からの最大の懸案事項で、鉄道建設・運輸施設整備支援機構が進めていた最後の基盤整備事業である梅田駅の「吹田貨物ターミナル駅・百済駅への機能移転」が2013年春に完成する。このインフラ整備に伴って吹田貨物ターミナル駅の東海道本線上に位置するE＆S機能（着発線荷役システム）を活用、全国各地区との結節点としての役割を担い、リードタイムの短縮と各方面への中継アクセスを改善する。
また、百済駅は、コンテナホーム拡張と26両（1300トン）編成列車に対応できるように改良してリニューアル開業する。トップリフターを新規導入することで、大型コンテナの取扱いも可能となり、大阪臨海地区・大阪南地区の利用利便性を大幅に向上する。
首都圏の北の玄関口である隅田川駅は、これまで貨車輸送が中心の時代の古い駅構造となっていたが、2009年度から国の補助事業として進めてきた「隅田川駅鉄道貨物輸送力増強事業」が完成することで、全荷役ホームを20両編成コンテナ列車に対応できるように改良、リニューアル開業する。
これによって、輸送力の増強、有効時間帯に列車を増発するとともに、大型コンテナ積載貨車の充実により、発着だけでなく中継貨物の取扱いも開始し、大型コンテナ利用区間拡大のニーズに対応する。
このほか、秋田・北関東地区～東海間の自動車部品などの輸送需要に対応するため、列車の運転区間を、現行の東京～秋田貨物から名古屋～秋田貨物に変更する。東海～九州間の自動車部品の輸送需要にも対応するため、関東～九州間の輸送力を増強する。
これまで首都圏～北海道・九州向け列車は、発車時刻が夜間帯に集中していたため、東京ターミナル・隅田川駅で中継のロスタイムがあった。フリークエンシーダイヤの導入と東京・ターミナル～隅田川間の4往復のシャトル列車の運転により、中継アクセスを改善する。
